طراحی روشی جدید مبتنی بر arms pcr برای تشخیص ژنوتیپ پلی مورفیسم c/t ۱۵۶۲- در پروموتور ژن mmp-۹

مقدمه: کلاژناز نوع-4 (mmp-9) یکی از مهم ترین ژن هایی است که به علت هضم کلاژن می تواند در جدایی سلول ها از بافت پایه و بدخیمی آنها نقش داشته باشد و به همین علت به عنوان یک تومور مارکر برای چنیدن سرطان مهم معرفی شده است. وجود پلی مرفیسم تک نکلئوتیدی t / c در ناحیه 1562- پروموتوری این ژن، باعث افزایش بیان این ژن در سطح رونویسی ازطریق کاهش اتصال پروتئین های مهار کننده رونویسی در افراد واجد آلل t می گردد. با توجه به اهمیت این پلی مورفیسم، هدف تحقیق حاضر طراحی روشی برای تعیین ژنوتیپ افراد در این پلی مورفیسم، بدون استفاده از pcr-rflp است. مواد و روش ها: با استفاده از سایت اطلاعات ژنی epd توالی دو طرف منطقه موردنظر دریافت و نرم افزار primer1 جهت طراحی چهار جفت پرایمر اختصاصی آلل برای دو طرف منطقه موردنظر استفاده شد. با انجام pcr های مختلف، دو جفت پرایمر بهتر انتخاب و pcr arms برای آنها بهینه سازی شد. برای تأیید نتایج pcr از تعیین توالی ( sequencing ) استفاده شد. نتایج: با استفاده از پرایمرهای طراحی شده، محصول pcr دارای طول 205 نوکلئوتید، نشانگر وجود آلل c و محصول دارای طول 253 نوکلئوتید، نشانگر وجود آلل t بود. نتیجه گیری: با استفاده از این تکنیک بدون نیاز به هضم آنزیمی rflp و با سرعت و دقت بالا می توان ژنوتیپ افراد را با یک pcr اختصاصی arms مشخص کرد.